Tokoplasmoosin siirtymisen sikiölle todennäköisyys vaihtelee sen raskausjakson mukaan, jolloin äiti on sairastunut infektioon: riski on alhainen raskauden alussa ja kasvaa ajan myötä. Päinvastoin lapsen ilmoittamien vahinkojen vakavuus on suurempi, kun äidin ja sikiön välitys tapahtuu. Jos raskauden kuudes kuukausi on sairastunut infektioon, spontaani abortti, ennenaikainen syntymä tai syntymä sikiö voi aiheuttaa chorioretiniittiä, hydrokefaliaa (tai mikrokefalia) ja kallonsisäistä kalkkeutumista. Nämä neurologiset oireet voivat liittyä ihon purkauksiin, näköhermon atrofiaan, nystagmukseen, keltaisuuteen, myokardiittiin ja keuhkokuumeeseen.
Todennäköisen ja todetun äiti-toksoplasmoosin tapauksessa Toxo-testistä, jos tiedät, onko Toxoplasma gondii todella ylittänyt istukan esteen ja infektoinut lapsen, on ilmoitettu amniosentti (ei ennen raskauden 15. viikkoa). Tutkimuksen aikana otettu ja PCR: lle (polymeraasiketjureaktio) otettu amniotienesteen näyte sallii parasiitin DNA: n mahdollisen läsnäolon vahvistamisen, jolloin diagnosoidaan sikiön infektio. Toisaalta echografisella seurannalla voi olla selkeitä merkkejä sikiön vaurioista (intrakraniaaliset kalkkeutumiset, hydrokefalus, hepatomegalia, intrauteriininen kasvun hidastuminen). Synnytyksen jälkeen synnynnäisen toksoplasmoosin epäily on vahvistunut lähinnä serologisilla tutkimuksilla ja taudin oireilla, jotka voivat esiintyä jopa vuosia myöhemmin, varsinkin ilman hoitoa.
