Nykyisin " karanteenilla " tarkoitetaan vaihtelevan keston omaavaa eristysjaksoa, jota sovelletaan varotoimenpiteenä erityisen tarttuvien tautien tapauksessa.
Tämän käytännön alkuperä syntyi mustan ruttoon . Alkuperäisen asiakirjan mukaan, joka oli päivätty 1377, Ragusan kaupunkiin (Dubrovnikiin) saapuvat alukset joutuivat pysymään 30 päivää pois satamasta ennen kuin he voisivat poistua lentoasemalta odottaen, näkyisivätkö taudin oireet miehistössä.
Samanaikaisesti Venetsia julkaisi myös joukon toimenpiteitä ruttohäiriön leviämisen estämiseksi: eristäminen jatkettiin 40 päivään ja venetsialainen viranomainen kutsui "karanteeniksi" (italia: neljäkymmentä).
Tämän ajankohdan jälkeen uskottiin, että ruttoa sairastava henkilö ei ollut enää tarttuva. Todellisuudessa tauti levisi jyrsijän kirput ja tämä ehkäisevä toimenpide taudin torjumiseksi oli hyödytöntä.
Ennen ja jälkeen rutto, muut sairaudet antoivat itsensä karanteeniin, kuten lepra, syfilis, keltainen kuume ja kolera.
