Patogeneesi tutkii taudin kehittymistä ja siihen liittyvää tapahtumaketjua, joka askel askeleelta määrittää sairastuneisiin elimiin kuuluvien solujen ja kudosten morfofunktionaaliset muutokset. Nämä muutokset voivat aiheuttaa kemialliset, fysikaaliset tai biologiset aineet (virukset, bakteerit jne.).
Vaikka etiologia määrittelee syyt, patogeneesi tutkii sen seurauksia.
Lääketieteellisiä tekstejä lukiessamme voimme siis törmätä niihin sellaisilla termeillä kuin: mikrobiologinen patogeneesi, tulehduksellinen patogeneesi, virus patogeneesi, pahanlaatuinen patogeneesi (sairauden taipumus, yleensä kasvain, pahenee asteittain mahdolliseksi tappavaksi). Monet sairaudet tunnistavat erilaisia syy-tekijöitä (monifaktorinen etiologia), ja vielä useampia ovat ne, joilla on erilaisia evoluutiomekanismeja (moninkertainen patogeneesi).
