Marburgin viruksen tarkka alkuperä ei ole vielä tiedossa. Tällä hetkellä uskotaan, että sairaus, josta se on vastuussa, voi olla zoonoosi, jota ylläpitää yksi tai useampi afrikkalaisen mantereen kotoperäinen eläin. Tähän mennessä tehty tutkimus ei kuitenkaan ole mahdollistanut taudin luonnollisen säiliön tunnistamista, vaikka monia selkärankaisia ja niveljalkaisia on analysoitu.
Maailman terveysjärjestön mukaan ihmiset eivät ole osa viruksen luonnollista kierrosta, joten tartunta olisi lähtöisin satunnaisesta kosketuksesta toisen tartunnan saaneen kädellisen kanssa. Itse asiassa lähetys joidenkin apinoiden kautta on dokumentoitu, mikä todennäköisesti toimii "virustavana isäntänä" Marburgin virukselle. Lisäksi jotkut todisteet viittaavat siihen, että kädelliset voivat puolestaan tarttua lepakkoihin .
