Toimivaltaisten yksiköiden lintuinfluenssaa koskeva terveystarkastus ei liity pelkästään eläinten kuolemista johtuvaan taloudelliseen vaikutukseen, vaan se aiheuttaa myös erityisiä huolenaiheita kansanterveydelle . Eniten huolestuneita asiantuntijoita on, että uudet virusalatyypit kykenevät aiheuttamaan sairauksia ihmisillä ja ennen kaikkea henkilöstä toiseen. A-tyypin influenssavirukset tosiasiallisesti käyvät ilmiöistä, joissa esiintyy geneettistä uudelleenkohdistusta suurella taajuudella; tämä mahdollistaa huomattavan kapasiteetin sopeutua uusiin vieraisiin ja määrittää uusien viruskantojen jatkuvan ulkonäön . Nämä mutaatiot voivat tapahtua esimerkiksi silloin, kun ihmisen virus ja lintuinfektio "vaihtavat" geneettistä perintöä tai kun virus kulkee yhdestä eläinlajista toiseen (siirtyminen lintuista sikaan on erityisen vaarallista). Siksi on olemassa mahdollisuus, että eläinsäiliöstä voi syntyä uusi virus, johon ihminen on alttiita (kuten esimerkiksi viime vuosisadalla tapahtui, kun espanjalaista 1919-virusta A-H1N1 tai aasialainen) A-H2N2, 1957).
Mahdollinen ihmisen välinen siirto antaisi taudille mahdollisuuden levitä maailmanlaajuisesti ja aiheuttaa siten lintuinfluenssapandemian . Tällä hetkellä virukset, joilla on korkein pandemiapotentiaali, ovat edelleen H5N1 ja H7N9, koska ne edelleen kiertävät kanojen keskuudessa ja voivat aiheuttaa vakavia sairauksia ihmisissä. Muut virusalatyypit voivat laukaista pandemian, mutta riski katsotaan pienemmäksi.
