Keltaista kuumetta voidaan ehkäistä rokottamalla, joka antaa pitkäaikaisen immuniteetin (yli 10 vuotta) ja joka on tehokas 90–95 prosentissa saajista.
Maailman terveysjärjestön tällä hetkellä hyväksymä rokote koostuu elävästä ja heikennetystä keltaisesta kuume-viruksesta 17D, jota kasvatetaan kanan alkiossa. Rokote annetaan kerta-annoksena ylävarteen, joka uusitaan 10 vuoden välein. Suojaavat vasta-aineet esiintyvät 7-10 päivää inokulaation jälkeen.
Rokottaminen on pakollista joillekin kohteille, mutta suositellaan kuitenkin matkailijoille, jotka matkustavat Afrikan ja Amerikan endeettisiin alueisiin. Keltaisen kuume-rokotteen toisaalta on vasta-aiheinen lapsille ennen 4 kuukautta ja raskaana oleville naisille; Erityistä varovaisuutta on suositeltavaa myös kanan- tai muna-proteiineille allergisten henkilöiden, immunologisesti heikentyneiden potilaiden, sairauksien tai hoitomuotojen, alle 9 kuukauden ikäisten ja vanhusten hoidossa.
