Mahahapon voimakas happamuus tekee vatsasta erityisen vihamielisen ympäristön viruksille ja bakteereille. Vain yksi laji, Helicobacter pylori, onnistuu pysymään hengissä ja kolonisoimaan ihmisen mahalaukun limakalvon. Loput, useimmat nautittavista mikro-organismeista tuhoutuvat nopeasti muutamassa minuutissa.
Useat in vitro -tutkimukset ovat osoittaneet, että leveän ja tehokkaan bakterisidisen vaikutuksen saavuttamiseksi pH: n on oltava erityisen alhainen. Erityisesti pH on yhtä suuri tai pienempi kuin 2, 0 yleensä tappaa kaikki bakteerit; samanlainen happamuus on kuitenkin mahassa vain paasto-olosuhteissa, kun taas aterioiden jälkeen ruoan (pääasiallisen ajoneuvon, johon bakteerit tunkeutuvat mahaan) läsnäolo nostaa väliaikaisesti pH-arvot arvoon 4-5.
On myös tarpeen ottaa huomioon aika-tekijä, koska mitä alhaisempi pH ja mitä vähemmän aikaa tarvitaan täydellisen bakterisidisen vaikutuksen saamiseksi, ja päinvastoin. PH-arvoilla, jotka ovat yli 3, 5, on kuitenkin hyvin pieni bakterisidinen vaikutus, kun taas pH yli 4: llä on nolla bakterisidinen vaikutus.
Viimeaikaiset tieteelliset todisteet osoittavat, miten bakterisidinen aktiivisuus määritetään mahan happamuuden lisäksi myös pepsiinillä (proteolyyttinen entsyymi, joka osallistuu proteiinien pilkkomiseen). Tiettyjä mahalaukun mehussa esiintyviä entsyymejä, kuten defensiinejä ja laktoferriiniä, aiheuttavat myös tiettyjä antibioottisia vaikutuksia.
Mikrobien etupuolella erilaisten mikro-organismien selviytymistä mahalaukun mehujen bakteereja tappavaa aktiivisuutta vastaan voidaan suosia yhteydellä joidenkin elintarvikkeiden ainesosien kanssa; esimerkiksi on osoitettu, että salmonellan virulenssi on selvästi parempi, kun se syötetään ruoan kanavaan proteiinipitoisilla elintarvikkeilla (esim. munat tai liha) saastuneina.
On selvää, että jopa antasidisten lääkkeiden tai protonipumpun estäjien käyttö, mahan pH: n alentaminen, edistää bakteerien selviytymistä mahassa. Lisäksi bakteerien kuormituksen (nautittavien bakteerien lukumäärän) kasvaessa lisääntyy myös todennäköisyys, että jotkut mikro-organismit selviytyvät.
On myös otettava huomioon toksiinien ja itiöiden ongelma. Myrkkyjä ovat bakteerien tai niiden ainesosien tuottamat aineet, jotka voivat aiheuttaa vahinkoa (ruokamyrkytys), vaikka bakteeri tapetaan mahahapon avulla. Sporat ovat sen sijaan rauhoittavia muotoja, joissa jotkut bakteerit vetäytyvät, kun ympäristöolosuhteet ovat epäedullisia, ja ne aktivoidaan uudelleen heti kun olosuhteet sen sallivat; esimerkiksi Clostridium difficilen itiöt ylittävät mahan happamuuden ehjinä ja sitten itävät mahassa.
Bakteereihin verrattuna viruksilla on yleensä suurempi mahdollisuus hengissä mahan happamassa ympäristössä. Ei ole yllättävää, että suvun Norovirus (Norwalk virus), Rotavirus, Astrovirus ja Adenovirus kuuluvat virukset osallistuvat usein tarttuvien ripulin muotojen (viruksen gastroenteriitin) esiintymiseen.
