Karieksia aiheuttavat jotkut suuontelossa olevat bakteerit, jotka ruokkivat ruokavalion sisältämiä sokereita ja jotka tuottavat happamia metaboliitteja, joilla on syövyttävää vaikutusta hampaiden koviin kudoksiin.
Ihmisen suuontelossa on useita satoja mikrobilajeja, mutta vain osa niistä liittyy kariesin etiopatogeneesiin. Tärkeimmät ja tunnetut kariogeeniset lajit ovat Streptococcus mutans ; Kuitenkin karious-leesioissa voidaan löytää muita kariogeenisiä bakteereita, mukaan lukien streptokokit ( S. oralis , S. sanguis , S.mitis ), laktobakillit ja aktinomykeetit.
Näiden mikro-organismien fermentoinnissa ruokavalion kanssa otettujen hiilihydraattien (erityisesti sakkaroosin, glukoosin, fruktoosin ja laktoosin) lisäksi näillä mikro-organismeilla on tärkeitä adhesiivisia ominaisuuksia hampaan pintaan, johon ne ankkuroivat, mikä aiheuttaa plakkia.
Bakteerien tuottamat hapot demineralisoivat emalin ja dentiinin epäorgaanisen komponentin, kun taas bakteeriperäiset proteolyyttiset entsyymit hyökkäävät myös näiden kudosten orgaaniseen komponenttiin.
Acidogeenisillä bakteereilla on myös kyky sietää alhaisia pH-tasoja, jotka yhdistävät sen valitsemaan ne muiden kommensaalisten lajien kustannuksella, jolloin syntyy kierteinen ympyrä, joka ruokkii karieksen etenemistä.
Nykyajan teoria kariesin etiopatogeneesistä kehitettiin viime vuosisadan alussa. Vuonna 1915 Klinger osoitti, että lactobacillia esiintyy karies-leesioissa, ja ainakin 1960-luvulle asti näitä bakteereita pidettiin - väärin - tärkeimpinä karieksesta vastuussa olevina mikro-organismeina. Vasta 1960-luvulla Streptococcus mutans - joka ensimmäisen kerran eristettiin Clarkesta ihmisen carious-leesioissa vuonna 1924 - ehdotettiin uudelleen päävastuuksi eri tutkijaryhmien kariesta vastaan.
Karsiogeenisten bakteerien vaikutusta tasapainottaa sylki sen sisältämien molekyylien, kuten:
- bikarbonaatti, joka pystyy puskuroimaan happaman pH: n;
- kalsium-, fosfaatti- ja fluori-ionit, jotka korvaavat hapon muuttaman emalidin kiteisen rakenteen;
- lysotsyymi ja laktoferriini (entsyymit, joilla on antibakteerisia ominaisuuksia) ja immunoglobuliinit (vasta-aineet);
- vesi, jonka pesuteho vähentää sekä bakteeritiheyttä että ruokajäämiä, poistamalla ravintoa karieksesta vastaavilta bakteereilta
