Marburgin virus on saanut nimensä saksalaisesta samankaltaisesta kaupungista, jossa se esiintyi vuonna 1967, jolloin se aiheutti kolme samanaikaista taudinpurkausta Saksassa (Marburgin ja Frankfurtin kaupungeissa) ja entisessä Jugoslaviassa (Belgradissa). Molemmissa maissa Marburgin virus otettiin luultavasti käyttöön Ugandan vihreiden apinoiden tuonnilla ( Cercopithecus aethiops, joka tunnetaan myös nimellä Grey-green Cercopiteco).
Ensimmäiset tapaukset kirjattiin laboratoriossa, joka oli läheisessä kosketuksessa näiden kädellisten kanssa. Toissijaiset tapaukset koskivat sairaaloiden lääkärinhoitoa, joka oli altistunut tartunnan saaneelle biologiselle materiaalille.
Tämän jälkeen satunnaiset jaksot tai taudit havaittiin Etelä-Afrikassa, Keniassa, Kongon demokraattisessa tasavallassa ja Angolassa yhteensä noin 600 tapausta ja 480 kuolemantapausta.
