Virallisessa farmakopeassa on yleisiä arviointimenetelmiä, sekä kemiallisia että biologisia. Farmakognosia käyttää kuitenkin myös paljon kehittyneempiä menetelmiä, kuten spektroskooppisia ja kromatografisia menetelmiä.
Lääkkeiden laadun arviointi kemiallisesta näkökulmasta antaa merkittävän perusteellisen analyysin käytettyjen instrumenttien analyyttiselle kapasiteetille; toisin sanoen lääkettä arvioidaan sen sisältämien aktiivisten aineiden määrän ja laadun perusteella, jotka ovat määrällisiä analyyttisesti tarkalla tavalla erittäin tarkkojen kromatografisten välineiden ansiosta. Näistä kromatografisista tekniikoista löytyy: kaasukromatografia, massakaasu, HPLC (nestekromatografia kolonnissa), ioninvaihtokromatografia ja levykromatografia (TLC, HPTLC). Nämä ovat kaikki menetelmiä, jotka käyttävät kromatografista periaatetta fytokompleksissa olevien kemiallisten aineiden laadullisessa ja kvantitatiivisessa arvioinnissa. Siksi nämä välineet mahdollistavat lääkkeen arvioinnin fytokompleksina, yksittäisten kemikaaliluokkien määrän ja laadun, niiden suhteen ja karakterisoivan aktiivisen aineosan määrän.
Fytokompleksin arvioimiseksi on tärkeää ottaa käyttöön sopivimmat strategiat sen uuttamiseksi, koska ei ole olemassa analyysimenetelmää, jota ei ole edeltäneet uutto. Uuttamiset ovat välttämättömiä, jotta tekninen-farmakognostaatio voi arvioida lääkeainetta tai mahdollisesti saada tämän lääkkeen käyttöelementtejä, jotka voidaan sijoittaa suoraan tertiäärisektoriin. Uuttomenetelmät mahdollistavat sellaisten aktiivisten periaatteiden ryhmien saamisen, joita pidetään tärkeinä lääkkeen laadullisessa luokituksessa, tai erottaa valikoivasti yhden tai useamman luokan, joita pidetään sen toiminnan ilmentymisenä.
Aktiiviset aineet ovat yleensä glykosidien, alkaloidien, terpeenien, antrakinonien molekyylejä; kaikki sekundaariset metaboliitit, jotka ilmentävät organismin relaatiologiaa; kuitenkin on olemassa myös molekyylejä, jotka johtuvat ensisijaisesti terveydelle kiinnostavasta aineenvaihdunnasta, kuten hiilihydraatit (tärkkelys ja sen johdannaiset, selluloosa ja sen johdannaiset), proteiinit ja erityisesti proteolyyttiset entsyymit (papaiini tai bromelaiini).
Ennen aktiivisten aineiden uuttamista lääkkeestä on syytä tarkastella viimeksi mainitun kemiallista-fysikaalista karakterisointia; toisin sanoen, ennen kuin aktiivinen aineosa uutetaan, on välttämätöntä tietää hyvin sen kemiallinen luonne polariteetin suhteen, koska uuttoprosessi on olennaisesti pelkistetty sopivan liuottimen yhdistymiseksi lääkkeen kanssa. Tämä liuotin, joka on kemiallisesti samankaltainen kuin uutettava, poistaa selektiivisesti sen jäljellä olevasta fytokompleksista; mitä enemmän tämä kemiallinen affiniteetti korostuu, sitä parempi uutto tapahtuu ("kuten liukenee") Siksi on olennaista tietää fysiokemiallisesta näkökulmasta uutettava periaate, jotta liuotin tai liuotinseos voidaan yhdistää enemmän siihen.
