Pakokaasujen pH on normaalisti neutraali tai lievästi emäksinen (6, 8 - 7, 5). Hapeammat ulosteet, jotka ovat fysiologisia vain vastasyntyneessä, saattavat viitata suoliston infektioihin (Escherichia coli, Rotavirus) tai ruoansulatuskanavan häiriöihin, kuten laktoosiin tai rasvan sietämättömyyteen (steatorrhea haiman vajaatoiminnasta tai sappirakenteesta).
Jos ulosteiden pH: lla on taipumus lisääntyä repeytyvän dysbioosin läsnä ollessa, se pyrkii laskemaan alas fermentoituvan dysbioosin läsnä ollessa, jonka alkuperän syyt ovat hiilihydraattien liiallinen nauttiminen tai saman huonon imeytymisen aiheuttama (keliakia) . Jopa runsaasti lipidien saantia, kasvisruokavalioissa ja pitkittyneessä paastossa, ulosteiden pH muuttuu hapoksi.
Jotta vältettäisiin tutkimustulosten vääristyminen, ulosteet eivät saa olla virtsan saastuttamia, ja ne on jäähdytettävä nopeasti, jotta virtsan ammoniakki ja bakteeri eivät pääse ulosteen pH-arvoon.