Yksilöllisten suojatoimenpiteiden ja kantaja-aineen ympäristövalvonnan lisäksi Japanin enkefaliitti voidaan estää rokottamalla.
FDA: n (elintarvike- ja lääkevirasto) jo hyväksymä Ixiaro-rokote, joka on hyväksytty EMEA: ssa (Euroopan lääkevirasto), annetaan intramuskulaarisesti deltalihaksen alueelle (ylempi käsivarsi) kahdessa annoksessa, toinen annoksesta. joka siirrostetaan 4 viikkoa ensimmäisen jälkeen. Hyvää aktiivista immunisointia varten rokotuskurssi on suoritettava vähintään viikkoa ennen mahdollista kosketusta Japanin enkefaliittivirukseen.
Japanin enkefaliittirokotetta suositellaan matkailijoille, jotka pysyvät ulkona jo pitkään endeemisillä alueilla, kauden aikana, jolloin tartunnan leviäminen on todennäköisintä; se ei kuitenkaan ole tarkoitettu alle 18-vuotiaille, raskauden aikana ja imetyksen aikana.
