Vatsan migreeni on häiriö, jota havaitaan pääasiassa lapsilla ja jotka valittavat vakavista toistuvan vatsakipun hyökkäyksistä. Näiden jaksojen esitystapa on samanlainen kuin migreeni, mutta kipu viittaa vatsaan. Lisäksi päänsärky ei ole vatsan migreenin oireiden joukossa.
Päänsärkyongelmien kansainvälisen luokituksen mukaan tämä häiriö on osa "lapsuuden jaksollisia oireyhtymiä, mahdollisia yhteisiä migreenin esiasteita". Itse asiassa useimmat näistä lapsista ovat alttiita kärsimään migreenihyökkäyksistä elinaikanaan.